Add Añade hidrógenos a todos los átomos con falta de valencias o no completas. Los hidrógenos son añadidos de manera que preservan la geometría de los átomos.
Fragment Carga y muestra un fragmento almacenado para su uso en las moléculas en construcción.
Delete Borra cualquier molécula, átomoS seleccionados, o todos los hidrógenos y valencias incompletas de la molécula.
Atom Esta opción desconecta un átomo de la molécula para cambiar un hidrógeno por valencias incompletas o para cambiar los tipos de átomos.
Molecule Usar esta opción para borrar la pantalla.
Hydrogens Elimina todos los hidrógenos y valencias incompletas antes de la minimización.
Connect Añade un enlace entre dos átomos desconectados en la pantalla principal.
Disconnect Elimina un enlace entre dos átomos en la pantalla principal.
Center Centra una molécula o un átomo en la pantalla.
Molecule Si se elige -?- center Molecule -?- en el submenu, el nuevo centro será, las coordenadas medias de todos los átomos.
Atom Si se elige -?- center Atom -?- del submenu, ALCHEMY transada la molécula al lugar donde el átomo elegido quede en el centro.
Duplicate Copia un fragmento o molécula de una ventana a otra.
Move Mueve un fragmento o molécula de una ventana a otra.
Measure Mide la longitud de enlace, los ángulos de enlace y los ángulos de torsión. Es decir nos da el valor de alguno de los parámetros geométricos intramoleculares.
Length distancia entre dos átomos en D.
Angle ángulo de enlace entre tres átomos en .
Torsion medida del ángulo de torsion entre 4 átomos.
Alter Sirve para alterar las distancias, ángulos de enlaces y ángulos de torsión. Posee las mismas opciones que measure.
Twist Permite realizar cambios conformacionales de la molécula fácilmente.
Chiral Localiza y asigna todos los centros quirales y los invierte si se desea.
Invert Molecule Esta opción puede generar el enantiomero de una molécula (ej. convierte a D- las L-).
Invert Atom Invierte los átomos de una molécula dos a dos.
Label Centers Pone etiquetas a todos los centros quirales, designándolos como R ó S.
Fit Compara dos moléculas usando el procedimiento de mínimos cuadrados aplicados a pares de átomos.
Fuse Produce la fusión de dos anillos formando una estructura combinada.
Para producir una fusión, recordar:
emparejar todos los átomos que sean coincidentes
seleccionar al menos tres pares de átomos
valencias incompletas no son utilizables
emparejar átomos del mismo tipo, a menos que uno tenga valencia incompleta
las valencias incompletas no deben de emparejarse con cualquier otra
Charge Calcula la carga atómica puntual que será usada en el termino de energía electrostática durante la minimización usando el método de Gasteiger-Marselli. También sirve para eliminar todas las cargas o para calcular las cargas formales o entrar las cargas formales manualmente.
Minimize Optimiza la geometría de la molécula.
Atom menu Permite elegir un átomo determinado para unir a la molécula en construcción.
MM2 Atom Types menu Modifica los tipos de átomos al tipo apropiado MM2 preparando un fichero que sirva de entrada a dicho programa.