El conjunto completo de aplicaciones de AMBER incluye un grupo de programas preparatorios (LEaP (xleap) y PROTONATE), programas de cálculo de energías (SANDER, SANDER_CLASSIC, GIBBS, NMODE y ROAR) y programas de análisis (ANAL, CARNAL, PTRAJ, NMANAL/LMANAL y MM-PBSA).
Las principales funcionalidades de los programas de cálculo de energías son:
Es el programa básico de minimización de la energía, dinámica molecular y cálculo de refinamientos RMN. Proporciona protocolos estándar para la minimización y la dinámica molecular y se puede utilizar para realizar cualquier tipo de cálculo excepto los cálculos de energía libre.
Es una versión modificada del módulo sander de la versión AMBER5 que ha sido especialmente optimizada para la ejecución paralela en un Cray T3D/T3E y que incorpora el código "One-Window Free Energy Grid" (OWFEG) para la optimización de sistemas ligando/inhibidor.
Es el módulo que se encarga de los cálculos de la energía libre entre dos estados. La energía libre se calcula mediante una serie incremental de pasos que conectan los dos estados físicos a través de un serie de estados intermedios que no son necesariamente estados físicos.
Este módulo permite calcular los modos normales de vibración así como numerosas propiedades termoquímicas del sistema.
Es una versión del programa sander que incorpora nuevas funcionalidades que no se encuentran en este módulo. El cambio principal es la posibilidad de definir parte del sistema como una sección de mecánica cuántica de manera que se puedan realizar cálculos combinados.