No son fundamentales para el análisis de los resultados, pero lo hace más agradable, y además estamos en el tiempo de las imágenes.
Ayudan a ver la geometría del sistema, su evolución en una optimizacioón o un camino de reacción, la forma de su densidad electrónica, su volumen, los orbitales moleculares y, si se han calculado, los potenciales electrostáticos y modos vibracionales.
En las páginas web
Molecular Graphics Applications in the CSB y
Universal Molecular Modeling Software List,
tenemos una lista bastante amplia del software gráfico (y otros) que existe.
En la página Web: http://scsg9.unige.ch/fln/eng/toc.html, teneis los tipos de representacion gráfica molecular, y sus fundamentos teóricos para su construcción.
En http://www.chem.swin.edu.au/ Hay de todo, el proyecto AIM, técnicas de química computacional, información para mverte en la red con programas de química....
Otro ejemplo de página es: http://www.ch.ic.ac.uk/ ( Department of Chemistry del Imperial College London.)
Si te interesa hacer una "película", puedes tomar diversas imagenes y juntarlas con utilidades como:
Para hacer esto se ejecuta el siguiente comando en una terminal:
mencoder ''mf://*.jpg'' -mf fps=10 -o test.avi -ovc lavc -lavcopts vcodec=msmpeg4v2:vbitrate=800
Exiten muchos paquetes gráficos, una lista de algunos de ellos puede ser esta:
| Molden | Molekel |
| gOpenMol | Jmol |
| RasMol | WebMO |
| Tinker | Gabedit |
| Raster3D | Molgen |
La mayoría tiene versiones para Windows y Linux, y para algunos hay que comprar la licencia de uso.
También se pueden incluir aquí otros paquetes ya vistos, con interfaces gráficas, como ECCE y Ghemical.
Veamos con un poco más de detenimiento algunos de ellos: