Nació en Madrid en 1932; tiene nacionalidad Mexicana.

Se formó como Biólogo (1961) y Doctor en Ciencias (1966) en la Escuela Nacional de Ciencias Biológicas del Instituto Politécnico Nacional, en donde inicia su carrera docente hace 45 años, como Profesor Ayudante, ocupando ininterrumpidamente varias cátedras a nivel de Licenciatura y Doctorado; la Jefatura de los departamentos de Biología y Zoología, así como la Dirección de Graduados e Investigación Científica de la propia Escuela.

También ha sido Director de Graduados e Investigación Científica para todo el Instituto Politécnico Nacional.

En la actualidad tiene la máxima posición académica que otorga el Instituto Politécnico Nacional, habiendo sido honrado con la distinción de Profesor Emérito a partir de 1986 y por el Sistema Nacional de Investigadores (SNI) Investigador Nacional Nivel III de 1986 a 1992 y un segundo periodo del 1° de julio de 1992 al 30 de junio del 2000. El 12 de Marzo de 1996 el Sistema Nacional de Investigadores (SNI) le otorga la categoría de Investigador Nacional Emérito. Asimismo, fue seleccionado como Titular de las Cátedras Patrimoniales de Excelencia Nivel I, 1993-1995 y 1996- 1998.

Ha sido Fundador y Director General del Instituto de Ecología, A.C. (1974-1982) y Director General en la nueva reorganización del propio Instituto, con sede principal en Xalapa, Veracruz y centros en los estados de Michoacán y Durango (diciembre de 1988 - junio de 1993). Director del Museo de Historia Natural de la Ciudad de México (1974-1982) y Director Adjunto de Desarrollo Científico del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONAC y T) (1982-1986). A partir de junio 1993 se reintegra de nuevo a la investigación y a la formación de jóvenes investigadores en su categoría de Investigador Titular "C" del Instituto de Ecología.

A la fecha ha dirigido 40 Tesis a nivel Licenciatura, Maestría en Ciencias y Doctorado.

Ha realizado estudios de Postgrado y trabajos de investigación en Francia, Brasil, Estados Unidos de Norteamérica, Argentina, Costa Rica, España, ExUnión Soviética, Costa de Marfil, así como estancias cortas en otros países.

Ha dirigido durante largos periodos las tres revistas mexicanas que tienen relación con la Zoología y la Entomología en México: Acta Zoológica Mexicana, Folia Entomológica Mexicana y los Anales de la Escuela Nacional de Ciencias Biológicas.

Es miembro de 16 sociedades científicas mexicanas e internacionales, habiendo sido Presidente del Consejo Internacional de Coordinación del Programa MAB-UNESCO (1984-1986) y Vicepresidente (1986-1989). (1993-1996). Presidente del Comité Mexicano del Programa MAB-UNESCO (1984-). Ha sido miembro del Comité Interamericano de Ciencia y Tecnología de la Organización de Estados Americanos (1984-1987) y Vicepresidente de Interciencia (1984-1989). Presidente del Advisory Committee for Biosphere Reserves, UNESCO (1993-1996). Coordinador Internacional del Subprograma XII: "DIVERSIDAD BIOLOGICA" del Programa Iberoamericano de Ciencia y Tecnología para el Desarrollo (CYTED-D) (1992-). Miembro del "Interim Steering Committee de Diversitas" de la International Union of Biological Sciences (IUBS) (1995-).

Ha presidido varios congresos internacionales y nacionales y ha sido miembro del Permanent Committee the International Congresses of Entomology (1980-1996).

Como principales distinciones ha recibido el Special Award of Recognition del United States National Committee for Man and Biosphere (1980); la Condecoración de Oficial de la Orden del Mérito, otorgada por el Presidente de la República Francesa (1984); Doctor Honoris Causa de la Universidad de París, Francia (1984); Profesor Emérito del Instituto Politécnico Nacional (1986), Medalla Alfonso L. Herrera al Mérito en Ecología y Conservación (1986). Professeur Correspondant del Muséum National d’Histoire Naturelle. Arrete de l’Assemblée des Professeurs du Muséum de París, Francia. 1 Junio de 1989. Membre Corresponent de la Secció de Ciències Biologiques del Institut d’Estudis Catalans, Barcelona, España (6 Junio de 1994). Reconocimiento Especial otorgado por el Presidente de los Estados Unidos Mexicanos por su "Invaluable Aportación al Conocimiento de la Diversidad Biológica en México y por su Contribución Histórica a la Conservación y al Uso Sustentable del Patrimonio Natural de Nuestro País" (Ciudad de México a 5 de junio de 1996). Premio al Mérito Ecológico 1997, otorgado por la Secretaría del Medio Ambiente y Recursos Naturales y Pesca (SEMARNAP) el Día Mundial del Medio Ambiente (5 de junio de 1997). Investigador Emérito, Instituto de Ecología, A.C., Xalapa. "Reconocimiento Profesor-Investigador" otorgado por el Instituto Politécnico Nacional. México, D.F. (10 de Marzo de 1998). "Reconocimiento a Gonzalo Halffter por su valiosa contribución y esfuerzo para la creación de la Reserva de la Biosfera Montes Azules". Con motivo del Décimo Aniversario de la Estación Chajul, Selva Lacandona, 27 de Noviembre de 1999. "Reconocimiento por su dedicación y entrega en la formación de nuestros profesionistas y participar en la construcción y engrandecimiento de nuestra carrera". LX Aniversario de la Carrera de Biólogo, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, IPN, Zacatenco, México, D.F., 4 de Febrero del 2000.

Ha publicado 288 trabajos de investigación, de los cuales 52 son libros o capítulos de libro. A la fecha cuenta con 3165 citaciones a sus trabajos, sin sumar las referencias incluidas en sus publicaciones.

Ha dirigido y participado directamente en varios de los más importantes estudios de impacto ambiental hechos en México, entre ellos: "Estudio Cualitativo y Cuantitativo de la Contaminación en la desembocadura del río Coatzacoalcos" (1971-1972); "Estudios Biológicos e Hidrográficos de los Recursos Pesqueros en Alvarado, Veracruz" (1971-1972); "Estudios Ecológicos Preoperacionales de la Planta Nucleoeléctrica de Laguna Verde, Veracruz" (1972-1980); "Estudios de Impacto Ambiental en Dos Bocas, Tabasco" (1979); "Estudios Ecológicos en Cayo Arcas, Campeche" (1981); "Tendencias y Prospección Ecológicas en el Valle de México" (1987-1988); "Estudios de Ecología Costera y de Determinación de Zonas de Preservación Ecológica del Corredor Turístico Cancún - Tulúm, Quintana Roo" (1990). Coordinador del "Scientific Committee" creado por SEMARNAP (Gobierno Federal) en relación a los estudios de impacto ambiental del Proyecto "Salitrales de San Ignacio", Baja California Sur, México (1996).