En el periodo 1971-1973 es becario del Consejo Británico en el University College de Londres, bajo la dirección del Profesor Bernard Katz. El mundo de la Biofísica de los canales iónicos se abre ante el joven investigador de la mano de uno de sus pioneros. La admiración de Bert Sakmann hacia su maestro perdura aún hoy en día, lo que le ha inducido a la creación de la Fundación Bernard Katz.

De regreso en Alemania obtiene su doctorado en Medicina por la Universidad de Göttingen en 1974, y ese mismo año es nombrado investigador del Instituto Max Planck de Química Biofísica en el Departamento de Neurobiología. Comienza entonces su colaboración con Erwin Neher, fruto de la cual es la invención en 1976 de una técnica que revolucionaria radicalemente la Neurociencia y la Biología Celular. Esta técnica, conocida científicamente por su denominación en inglés como patch-clamp", hace posible el estudio del flujo de iones a través de un canal iónico. Dichas moléculas proteicas se encuentran insertadas en la membrana celular y actúan como un túnel, admitiendo el paso de iones a su través. Como resultado de este flujo de iones se producen señales eléctricas que, adecuadamente codificadas, permiten una comunicación eficaz entre neuronas, lo que, en suma, constituye la ase en la que se sustentan muchas funciones superiores del Sistema Nervioso Central, tales como la memoria, el aprendizaje, las sensaciones, etc.

En 1980 la técnica del "patch-clamp" fue perfeccionada de forma decisiva por el eqipo de Neher y Sakmann, al conseguir la reducción drástica del ruido eléctrico que oscurecía las medidas preliminares. De este modo, se pudo estudiar por vez primera, en un sistema viviente, el funcionamiento de una molécula aislada, y con una resolución temporal al nivel del milisegundo. Bert Sakmann comenzó entonces su colaboración con otros grupos, biólogos moleculares primordialmente, con el fin de alterar los genes que codifican los canales iónicos, y, en definitiva, modificar su estructura molecular. A continuación se podría estudiar con el "patch-clamp" el efecto de tales alteraciones en la función de estas importantes moléculas. En suma, supo ser de los primeros en aunar dos disciplinas, electrofisiología y biología molecular, que hasta entonces no habían tenido puntos de contacto. Esta conjunción interdisciplinaria está produciendo ho en día grandes resultados científicos.

En 1983 Bert Sakmann fue nominado miembro de la Sociedad Max Planck y posteriormente director del departamento de Fisiología Celular del Instituto Max Planck de Göttingen (1985). Desde 1989 es director del Instituto Max Planck de Investigación Médica de Heidelberg y profesor de la facultad de Medicina de la Universidad de esta ciudad.

Numerosos premios internacionales han galardonado la labor científica del Prof. Sakmann. Entre ellos cabe destacar el premio Nernst de la Sociedad Alemana de Química Física (1997), el premio Feldberg de la Fundación Feldberg de Londres (1979), los premios Spencer (1983) y Gross-Horwitz (1986), ambos de la Columbia University de Nueva York, el premio Leibnitz de la Sociedad de Investigación Alemana (1986), el premio Gerard de la Sociedad de Neurociencia, Washington (1991) y el premio Nobel de Fisiología y Medicina (1991).