Entre els premis i les distincions que ha rebut al llarg de la seua carrera, cal destacar-ne el següents: medalla Príncep Albert de l'Institut Oceanogràfic de París (1972), Premi AG. Huntsman d´Oceanografia biològica (Canadà, 1980), medalla Narcís Monturiol de la Generalitat de Catalunya (1983), premi Santiago Ramón y Cajal del Ministeri d´Educació i Ciència (1984), Foreign Member of the National Academy of Science of the USA (1984), premi Italgas de Ciències Ambiental (Itàlia, 1989), medalla Naumann Thieneman de la Societat Internacional de Limnologia (1989), premi de la Fundació Catalana per a la Recerca (1990), Premi Humbolt (Alemanya, 1990), Premi ECI (1995) i doctor honoris causa per les universitats de Laval, Aix-Marseille i l´Institut Químic de Sarrià. 
 

Ha dirigit trenta sis tesis doctorals entre 1971 i 1990. És autor de dos llibres de text que han estat especialment valuosos per als estudiants de llengua hispana: La ecología , publicat per primera vegada el 1974, i La limnología, el 1983. 

Les principals aportacions científiques d’aquest autor, les ha fetes en els camps de la limnologia, l´oceanografia i l´ecologia teòrica. Ha publicat prop de quatre-cents treballs, entre llibres i articles en revistes científiques. Entre els seus llibres cal destacar: Introducción al estudio de plancton marino (juntament amb M. Massuti, 1950), Los crustáceos de las aguas continentales ibéricas (1953), Los organismos indicadores en la limnología (1955), La biosfera: entre la termodinámica y el juego (1980), l’edició de Western Mediterranean (1985), La teoría de los sistemas ecológicos (1992) i Our Biosphere (1997). 

El seu discurs d´ingrés a la Real Acadèmia de Ciències i Arts de Barcelona, que tenia com a títol "La teoría de la información en ecología" (1957), va tenir un gran ressò i va estar publicat en la revista General Systems. Però probablement el seu article "On certain unifying principles in ecology", publicat en American Naturalist, i el llibret que resumia les seues classes com a professor invitat a la Universitat de Chicago, Perspectives in Ecological Theory (1968), han sigut les aportacions que han tingut un impacte mes extens i profund sobre la comunitat científica internacional. 

Actualment, Ramon Margalef manté la seua activitat de recerca i també un especial compromís a "predicar", com li agrada dir, sobre tot el que ha pogut aprendre de l’observació i l’estudi de la natura.