L'Institut Interuniversitari d'Investigació sobre la Pau manté relacions amb diversos centres d'investigació que tenen objectius i activitats connectats amb l'estudi de la pau i els conflictes. Actualment, col·labora tant en investigació com en docència amb els centres i instituts següents: 
 

Càtedra UNESCO de Filosofia de la Pau Universitat Jaume I de Castelló i CIBPD (Centre Internacional Bancaixa per la Pau i el Desenvolupament)	Institut de la Pau i els Conflictes Universitat de Granada
AIPAZ (Associació Espanyola d'Investigació per la Pau)	CIP (Centre d'Investigació per la Pau)
Càtedra UNESCO sobre la Pau  i els Drets Humans. Barcelona	Gernika Gogoratuz (Centre d'Investigació per la Pau)
Seminari d'Investigació per la Pau. Centre Pignatelli. Saragossa	IPRA  (Associació Internacional d'Investigació per la Pau)
Transcend: una Xarxa per la Pau i el Desenvolupament	TFF. Fundació Transnacional d'Investigació per la Pau i el Futur
Institut d'Estudis Transnacionals

• Centre d'Estudis Interamericans (Universitat Pontifícia Catòlica d'Equador) 
• Coordinació de Postgraus en Integració (Universitat de Qüenca, Equador) 
• Universitat Nur (Santa Cruz, Bolívia) 
• Facultat Llatinoamericana de Ciències Socials (FLACSO) 
• Institut Colombià per l'Educació Superior (Colòmbia) 
• Universitat de l'Havana (Cuba) 
• Universitat Federal de Sergipe (Brasil)