El IIIP treballa activament en diverses dimensions de la investigació sobre la pau i la violència. Actualment, les principals línies d'investigació del IIIP són: 

• Relació entre la investigació sobre la pau (peace research) i l'enfocament dels sistemes de món (world-system perspective). D'índole teòrica, és una síntesi entre la perspectiva de Johan Galtung i la d'Immanuel Wallerstein. Alguns resultats d'aquesta línia es publicaran en la col·lecció Eirene de l'Institut de la Pau i els Conflictes de la Universitat de Granada, en el volum dedicat a la pau imperfecta, i en un pròxim Festshrift en honor d'I. Wallerstein, que es publicarà en el Journal of World-System Research. 

• Violència estructural, que dóna particular importància a l'actual fase de conflictes intraestatals i a la relació entre pau i desenvolupament. Consisteix en l'estudi metodològic i empíric dels fenòmens associats amb la desigualtat, la pobresa o la injustícia en relació amb la violència directa. A més dels treballs ja publicats sobre el tema hi ha quatre tesis doctorals i tres tesis de mestratge (màster) en desenvolupament dins i fora d'Espanya. Dins d'aquesta línia cal destacar els estudis que es fan actualment sobre la pobresa des d'una perspectiva de gènere (projecte d'investigació subvencionat per l'Institut de la Dona).

• Violència cultural, és a dir, maneres de legitimar la violència directa o l'estructural i maneres de generar nous conflictes a partir de la cultura. Actualment, estan en curs estudis sobre nacionalismes, legitimacions de la violència, fonamentalismes, multiculturalitat, conflictes ètnics i tolerància. Es complementa amb la idea, promoguda per la UNESCO, de la cultura de pau. 

• Mitjans de comunicació, el paper d'aquests com a objecte de discussió dins la investigació sobre la pau i, sobretot, dins de l'entrenament per a la promoció de la cultura de pau. Hi ha una tesi sobre notícies internacionals llegida i publicada. En relació amb aquesta línia d'investigació està el periodisme per la pau (peace journalism). 

• Estudis de futur o prospectiva, des d'un punt de vista metodològic i en relació amb la investigació sobre la paz. En aquest sentit, cal destacar la relació que manté el IIIP amb la Xarxa Educacional d'Estudis sobre el Futur (REEF).

• Resolució de conflictes. Segons el mètode Trascend (Johan Galtung) o a través de la diplomàcia paral·lela (Universitat de Maryland).
• Estudi comparat dels processos de reconciliació. Anàlisi dels processos en què la reconciliació ha funcionat i els processos en què no.
• La problemàtica dels estats fràgils. Anàlisi de les condicions en què es desenvolupa l'estat per a anticipar-se als conflictes intraestatals.
• Els processos d'integració. Anàlisi comparat dels processos d'integració regional del tipus de la Comunitat Europea. Especial atenció al cas particular de la Comunitat Andina de Nacions. Quant als fenòmens d'integració i de percepció mútua entre les diverses cultures europees, cal assenyalar la relació de l'Institut amb l'Observatori Europeu de Tendències Socials (OBETS).
• L'islam. És l'àrea d'estudi que més sentit té plantejar des d'Alacant. L'islam, casa de pau, és percebut des de l'Occident de manera poc pacífica, i té dins gèrmens violents que inclouen una cultura de no-pau, estats fràgils i desintegració regional.