L'any 1945 és nomenat professor encarregat de càtedra de la Universitat de Salamanca, i l'any següent es doctora en Filosofia i Lletres per la Universitat de Madrid, amb la qualificació d'excel·lent i premi extraordinari. Va obtenir el Premi Menéndez Pelayo d'investigació del CSIC per l'obra El habla de campo de Jaca, i després de l'oposició al càrrec de professor adjunt de Gramàtica Històrica de la Llengua Espanyola a la Universitat de Salamanca, n'obté la plaça.

El 1948 és nomenat catedràtic de Gramàtica Històrica de la Llengua Espanyola per oposició a la Universitat de Granada, i l'any següent és designat col·laborador de l'Institut Miguel de Cervantes del CSIC i redactor de la Revista de Filología Española. Ha impartit magisteri a la Universitat Autònoma de Madrid i la Complutense. 

Avui, quasi mig segle després, cal destacar-ne la tolerància, la vocació, la docència i la multitud de cursos i conferències a Alemanya (Erlangen, Bonn, Heidelberg i Göttingen), els Estats Units, Mèxic, Puerto Rico, Brasil, Colòmbia, Argentina, Equador, el Perú, Holanda, Bèlgica, Suïssa, Àustria, Itàlia, França, el Marroc, Cuba, Santo Domingo, el Japó i la Xina. 

És professor honorari de la Universitat Major de San Marcos de Lima i membre honorari de l'American Association of Teachers of Spanish and Portuguese, de The Modern Language Association of America i de l'Institut Caro y Cuervo de Bogotà. A més, és membre d'honor de la Société de Linguistique Romane, de la Institució Internacional de Cultura de Corea i de la Associació d'Hispanistes del Japó, així com acadèmic de nombre de la Reial Acadèmia Espanyola i membre corresponent de l'Acadèmia de Gustavo Adolfo de Uppsala, de la Llengua de Bogotà, de la Història de Boyacá, de Bones Lletres de Barcelona i de The Hispanic Society of America.

Ha estat guardonat dues vegades amb els Premis Nacionals  d'Investigació del CSIC, i ha obtingut el Premi Antonio de Nebrija, Nacional de Literatura i l'Award Excellence in Research (State University of New York). Ha rebut també la Comanda amb Placa de l'Ordre Alfons X el Savi i la Gran Creu de l'Ordre d'Alfons X el Savi.

És doctor honoris causa per la Universitat de Bordeus, Pisa, València, Granada, Saragossa, Salamanca, Valladolid, La Laguna, Sevilla, Màlaga i la UNED, entre d'altres. Ha estat director de la Reial Acadèmia Espanyola i secretari general de l'OFINES. Actualment, és conseller del CSIC i dirigeix Revista de Filología Española, Lingüística Española Actual i Archivo de Filología Española.

La seua obra científica inclou més de siscents títols, amb un centenar llarg de llibres. Recentment, ha merescut el reconeixement dels investigadors d'arreu del món en els quatre volums titulats Philologica hispaniensia in honorem Manuel Alvar. Finalmente, la Institució Fernando el Católico de Saragossa ha creat la Càtedra de Lingüística Manuel Alvar.