Va nàixer a Madrid el 1932; té nacionalitat mexicana.

Es va formar com a biòleg (1961) i doctor en Ciències (1966) en l'Escola Nacional de Ciències Biològiques de l'Institut Politècnic Nacional, on inicia la carrera docent fa 45 anys, com a professor ajudant. Va ocupar ininterrompudament diverses càtedres de llicenciatura i doctorat, la direcció dels departaments de Biologia i Zoologia, així com la direcció de Graduats i Investigació Científica de la mateixa Escola.

També ha sigut director de Graduats i Investigació Científica per a tot l'Institut Politècnic Nacional.

En l'actualitat té la màxima graduació acadèmica que atorga l'Institut Politècnic Nacional. Ha sigut honrat amb la distinció de professor emèrit a partir de 1986 i investigador nacional nivell III pel Sistema Nacional d'Investigadors (SNI) de 1986 a 1992, i un segon període de l'1 de juliol de 1992 al 30 de juny de 2000. El 12 de març de 1996, el SNI li va atorgar la categoria d'investigador nacional emèrit. Així mateix, va ser seleccionat com a titular de les càtedres patrimonials d'excel·lència nivell I, 1993-1995 i 1996-1998.

Ha sigut fundador i director general de l'Institut d'Ecologia A. de C. (1974-1982) i director general en la nova reorganització del mateix Institut, amb seu principal a Xalapa, Veracruz i en els centres dels estats de Michoacan i Durango (de desembre de 1988 a  juny de 1993). Director del Museu d'Història Natural de la Ciutat de Mèxic (1974-1982) i director adjunt de Desenvolupament Científic del Consell Nacional de Ciència i Tecnologia (CONAC i T) (1982-1986). A partir de juny 1993 es reintegra de nou a la investigació i a la formació de joves investigadors en la categoria d'investigador titular C de l'Institut d'Ecologia.

Fins a dia d'avui ha dirigit 40 tesis de llicenciatura, de mestratge en ciències i de doctorat.

Ha fet estudis de postgrau i treballs d'investigació a França, el Brasil, els Estats Units d'Amèrica del Nord, l'Argentina, Costa Rica, Espanya, l'antiga Unió Soviètica, Costa d'Ivori i estades curtes en altres països.

Ha dirigit durant llargs períodes les tres revistes mexicanes que tenen relació amb la zoologia i l'entomologia: Acta Zoológica Mexicana, Folia Entomológica Mexicana i els Anales de la Escuela Nacional de Ciencias Biológicas.

És membre de 16 societats científiques mexicanes i internacionals, i ha sigut president del Consell Internacional de Coordinació del Programa MAB-UNESCO (1984-1986) i també vicepresident (1986-1989). (1993-1996). President del Comitè Mexicà del Programa MAB-UNESCO (1984-). Ha sigut, així mateix, membre del Comitè Interamericà de Ciència i Tecnologia de l'Organització d'Estats Americans (1984-1987) i vicepresident d'Interciència (1984-1989). President de l'Advisory Committee for Biosphere Reserves, UNESCO (1993-1996). Coordinador Internacional del Subprograma XII: "DIVERSITAT BIOLOGICA" del Programa Iberoamericà de Ciència i Tecnologia per al Desenvolupament (CYTED-D) (1992-). Membre de l'Interim Steering Committee de Diversitas de la International Union of Biological Sciences (IUBS), (1995-).

Ha presidit diversos congressos internacionals i nacionals i ha sigut membre del Permanent Committee the International Congresses of Entomology (1980-1996).

Com a principals distincions ha rebut el Special Award of Recognition del United States National Committee for Man and Biosphere (1980); la condecoració d'Oficial de l'Ordre del Mèrit, atorgada pel president de la República Francesa (1984); doctor honoris causa de la Universitat de París, França (1984); professor emèrit de l'Institut Politècnic Nacional (1986), Medalla Alfonso L. Herrera al mèrit en ecologia i conservació (1986). Professeur Correspondant del Muséum National d’Histoire Naturelle. Arrête de l'Assemblée des Professeurs du Muséum de París, França, l'1 de juny de 1989 . Membre corresponent de la Secció de Ciències Biologiques de l'Institut d’Estudis Catalans, Barcelona, (6 de juny de 1994). Reconeixement especial atorgat pel president dels Estats Units de Mèxic per la seua "Extensíssima aportació al coneixement de la diversitat biològica a Mèxic i per la seua contribució històrica a la conservació i a l'ús sostenible del patrimoni natural del nostre país" (Ciutat de Mèxic, 5 de juny de 1996). Premi al mèrit ecològic 1997, atorgat per la Secretaria del Medi Ambient i Recursos Naturals i Pesca (SEMARNAP), el Dia Mundial del Medi Ambient (5 de juny de 1997). Investigador emèrit de l'Institut d'Ecologia, A. de C., Xalapa. Reconeixement com a professor investigador atorgat per l'Institut Politècnic Nacional. Mèxic, DF (10 de març de 1998). "Reconeixement a Gonzalo Halffter per la seua valuosa contribució i esforç per a la creació de la reserva de la biosfera Montes Azules". Amb motiu del X aniversari de l'estació Chajul, a la selva Lacandona, 27 de novembre de 1999. "Reconeixement per la seua dedicació i entrega en la formació dels nostres professionals i participar en la construcció i creixement de la nostra carrera". LX aniversari de la carrera de Biòleg, Escola Nacional de Ciències Biològiques, IPN, Zacatenco, Mèxic DF, 4 de febrer de 2000.

Ha publicat 288 treballs d'investigació, dels quals 52 són llibres o capítols de llibre. Fins al dia d'avui compta amb 3.165 citacions a treballs seus, sense sumar-hi les referències incloses en les seues publicacions.

Ha dirigit diversos dels més importants estudis d'impacte ambiental fets a Mèxic i hi ha participat directament, entre aquests: estudi qualitatiu i quantitatiu de la contaminació en la desembocadura del riu Coatzacoalcos (1971-1972); estudis biològics i hidrogràfics dels recursos pesquers a Alvarado, Veracruz (1971-1972); estudis ecològics preoperacionals de la planta nucleoelèctrica de Laguna Verde, Veracruz (1972-1980); estudis d'impacte ambiental a Dos Bocas, Tabasco (1979); estudis ecològics a Cayo Arques, Campeche (1981); tendències i prospecció ecològiques en la vall de Mèxic (1987-1988); estudis d'ecologia costanera i de determinació de zones de preservació ecològica del corredor turístic Cancún - Tulúm, Quintana Roo (1990). Coordinador del Scientific Committee creat per SEMARNAP (Govern Federal) en relació amb els estudis d'impacte ambiental del projecte "Salitrales de San Ignacio", Baixa Califòrnia Sud, Mèxic (1996).